核苷酸多样性

时间:2024-03-10 10:13:58
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文件名称:核苷酸多样性

文件大小:30.83MB

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更新时间:2024-03-10 10:13:58

核苷酸多样性计算 概述 该程序估计基因组序列的核苷酸多样性。 用法 步骤1-BAM文件转换 使用转换BAM文件。 samtools view -h -G69 to.convert.bam | samtools view -h -G133 > file.bam 对于每个样本,从BAM文件中生成一个strandcount.csv。 java -cp /your-path-to/HAROLD/lib/htsjdk-unspecified-SNAPSHOT.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/picocli-4.1.2.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/pal-1.5.1.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/cache2k-all-1.0.2.Final.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/co


【文件预览】:
NucleotideDiversity-master
----.gitignore(30B)
----README.md(1017B)
----LICENSE(1KB)
----MultiFileDiversity.jar(29KB)
----example()
--------sample5-1longitudinal.sorted.dedup.fixed.bam.strandcount.csv(181KB)
--------sample.txt(61B)
--------sample5-1longitudinal.sorted.dedup.bam.fixed.bam.zip(29.39MB)
--------diversity.txt(4KB)
----lib()
--------commons-math3-3.5.jar(1.94MB)

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