文件名称：germVar:种系变异
文件大小：2.82MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-04 07:15:17
HTML
TCGA 8000 正常外显子组
【文件预览】：
germVar-master
----README.md(25B)
----calc_Depth_Coverage_Exome.sh(253B)
----split_ESP_Multi_Allele.py(4KB)
----variant_calling()
--------haplotypeCaller_gvcf.sh(850B)
--------genotype_gvcfs.sh(1KB)
--------genotype_all_gvcfs_lof.sh(3KB)
--------genotype_all_gvcfs_snp.sh(4KB)
--------haplotypeCaller_BAM.sh(1KB)
--------jointVarCall.py(4KB)
--------genotype_batch_gvcfs.sh(2KB)
--------combine_gvcfs.sh(558B)
----accessories()
--------get_BamSM.sh(210B)
--------split_vcfgz.sh(483B)
--------snpEff_anno.sh(534B)
--------calc_Bam_Coverage.sh(253B)
--------tabix_index.sh(321B)
----makefile(4KB)
----haplotypeCaller_BAM.sh(736B)
----project_setup()
--------project_overview.Rmd(5KB)
--------bookkeep_TCGA_Exome_Samples.R(8KB)
--------pick_CCDS_Transcripts.R(11KB)
--------construct_Candidate_Gene_List.R(24KB)
--------filter_solid_normal.R(6KB)
--------project_overview.html(646KB)
--------variantCallSetMethods.R(47KB)
----dataset_extraction()
--------summary_COSMIC.R(6KB)
--------summary_ClinVar.R(5KB)
--------parse_COSMIC_goi.sh(876B)
--------summary_lof_X2kG_ESP.R(6KB)
--------query_Pfam_API.py(1KB)
--------summary_Clinical.R(3KB)
--------splitESPMultiAllele.py(4KB)
--------parse_X1kG_goi.sh(1KB)
--------summary_RNASeq.R(4KB)
--------summary_TCGA.R(2KB)
--------summary_X2kG_ESP_goi.R(5KB)
--------parse_TCGA_somatic_maf.R(2KB)
--------parse_ExAC_goi_lof.sh(2KB)
--------extractStudyRNASeqV2.R(2KB)
--------snpEff_clinvar.sh(544B)
--------query_CBio_Genetic_Profile.R(4KB)
--------parse_X1kG_goi_lof.sh(2KB)
--------extractStudyASCAT.R(3KB)
--------parse_ClinVar_goi.sh(937B)
--------parse_ESP_goi.sh(1KB)
--------parse_ESP_goi_lof.sh(2KB)
--------query_FireHose.sh(350B)
--------parse_cgquery_xml.py(3KB)
----variant_analysis()
--------trunc_analysis.R(26KB)
--------nonsyn_analysis.html(1.12MB)
--------trunc_analysis.html(2.61MB)
--------nonsyn_analysis.R(18KB)
--------Expression_change_mrnaz.R(9KB)
--------LOH_analysis.R(2KB)
--------nonsyn_filtering.R(18KB)
--------nonsyn_analysis.Rmd(23KB)
--------trunc_filtering.R(16KB)
--------nonsyn_analysis_files()
--------trunc_analysis.Rmd(13KB)
--------nonsyn_analysis_cache()
----variant_manipulation()
--------vcfConvVEP.py(4KB)
--------vcfAnnoAlt.py(2KB)
--------vcfFixAllele.py(2KB)
--------convVCFDataFrame.R(1KB)
--------vcfTrimMNP.py(2KB)
--------vcfAnnoSTR.py(3KB)
--------vcfAnnoPfam.py(3KB)
--------vcfConvSnpEff.py(4KB)
--------vcfAnnoANC.py(2KB)