【文件属性】：
文件名称：germVar2:TCGA种系变体
文件大小：3.61MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-15 09:51:52
Python
胚芽2
补充材料
泛癌测序分析显示癌症基因中频繁发生种系突变
姜若木，威廉·李，纳德姆·里亚兹，克里斯·桑德，蒂莫西·米奇森^ ，黛博拉·S·马克斯^
安装
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("rj67/germVar2")
数据对象
可以加载的数据框
list_goi-候选基因列表
基因
批准名称
合奏基因
千年发展目标
CPG
班级
83
自动取款机
ATM丝氨酸/苏氨酸激酶
ENSG00000149311
真的
真的
时差
135
BRCA1
乳腺癌1，早发
ENSG00000012048
真的
真的
时差
all_patients-所有患者信息
病人
疾病2
年龄
Agez
EA
种族2
性别
P6-A5OG
行政协调会
45
-0.2248333
真的
白色的
【文件预览】：
germVar2-master
----NAMESPACE(25B)
----DESCRIPTION(286B)
----R()
--------variant_handle_misc.R(0B)
--------plot_style_misc.R(6KB)
--------data_description.R(2KB)
--------plotMutRNASeq.R(1KB)
--------plotDiseaseDistr.R(2KB)
----README.md(4KB)
----data()
--------nsSNP_vars.rda(99KB)
--------LoF_vars.rda(201KB)
--------all_patients.rda(284KB)
--------LoF_muts.rda(292KB)
--------nsSNP_muts.rda(342KB)
--------list_goi.rda(64KB)
----man()
--------nudgeXY.Rd(449B)
--------unifyPlotDim.Rd(405B)
--------plotMutRNASeq.Rd(565B)
--------plotDiseaseDistr.Rd(395B)
--------LoF_muts.Rd(471B)
--------sigSymbol.Rd(315B)
--------nsSNP_muts.Rd(477B)
--------labelDisease.Rd(358B)
--------expand_outer.Rd(471B)
--------LoF_vars.Rd(682B)
--------list_goi.Rd(430B)
--------all_patients.Rd(698B)
--------nsSNP_vars.Rd(688B)
--------replaZero.Rd(289B)
--------extractPatient.Rd(326B)
----exec()
--------jupyter_notebooks()
--------variant_manipulation()
--------variant_calling()
----.gitignore(29B)