【文件属性】：
文件名称：ukbtools:R包，用于操纵和探索英国生物库数据
文件大小：3.49MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-25 02:03:02
r biobank ukb uk-biobank kcl-sgu
ukbtools
使用随附的[UKB程序]（ ）下载并解密UK Biobank（UKB）数据后，您需要将多个文件汇集在一起，为您提供了一个可探索的数据集。 数据文件具有列名，这些列名是中编辑的字段代码。 ukbtools可以轻松地将多个UKB文件折叠到单个数据集中以进行分析，在此过程中，将为变量赋予有意义的名称。 该软件包还包括以下功能：检索ICD诊断，在UKB样本的背景下探索样本子集以及收集遗传元数据。
安装
# Install from CRAN
install.packages( " ukbtools " )
# Install latest development version
devtools :: install_github( " kenhanscombe/ukbtools " , dependencies = TRUE )
先决条件：制作UKB文件集
下载§，然
【文件预览】：
ukbtools-master
----.gitignore(69B)
----NAMESPACE(2KB)
----NEWS.md(4KB)
----codecov.yml(232B)
----vignettes()
--------explore-ukb-data.html(3.03MB)
--------explore-ukb-data.R(5KB)
--------img()
--------explore-ukb-data.Rmd(19KB)
----data-raw()
--------icdcodes.R(2KB)
--------ukb_meta_excl.R(2KB)
--------ukbcentre.R(433B)
--------ukbxxxx_example_data.R(1KB)
--------icd9chapters.csv(1014B)
--------centre.csv(380B)
--------ukbtools.png(32KB)
--------coding10.tsv(469B)
--------icd10chapters.csv(1KB)
----R()
--------data.R(828B)
--------metadata.R(11KB)
--------diagnosis.R(11KB)
--------context.R(7KB)
--------dataset.R(13KB)
--------genetics_qc.R(11KB)
--------readwrite.R(6KB)
--------utils.R(2KB)
--------ukbtools.R(2KB)
----data()
--------icd10chapters.rda(918B)
--------icd10codes.rda(188KB)
--------icd9chapters.rda(780B)
--------ukbcentre.rda(565B)
--------icd9codes.rda(161KB)
----.Rbuildignore(238B)
----_pkgdown.yml(2KB)
----.github()
--------.gitignore(7B)
--------workflows()
----man()
--------icd10codes.Rd(399B)
--------ukb_icd_diagnosis.Rd(754B)
--------ukb_gen_write_plink.Rd(2KB)
--------ukb_gen_het.Rd(1KB)
--------ukb_gen_samples_to_remove.Rd(3KB)
--------ukb_icd_code_meaning.Rd(625B)
--------ukb_gen_write_plink_excl.Rd(1KB)
--------ukb_gen_write_bgenie.Rd(2KB)
--------ukb_gen_read_fam.Rd(912B)
--------ukb_gen_rel_count.Rd(2KB)
--------ukb_centre.Rd(799B)
--------ukbcentre.Rd(395B)
--------ukb_df_field.Rd(2KB)
--------ukb_icd_freq_by.Rd(2KB)
--------icd10chapters.Rd(463B)
--------ukb_icd_keyword.Rd(970B)
--------ukb_df.Rd(3KB)
--------ukb_gen_sqc_names.Rd(1KB)
--------ukb_gen_related_with_data.Rd(1008B)
--------ukb_gen_rel.Rd(814B)
--------ukb_context.Rd(3KB)
--------ukb_df_full_join.Rd(2KB)
--------icd9codes.Rd(393B)
--------ukb_gen_excl.Rd(733B)
--------ukb_gen_read_sample.Rd(786B)
--------ukb_gen_excl_to_na.Rd(1KB)
--------ukbtools.Rd(2KB)
--------figures()
--------ukb_gen_meta.Rd(778B)
--------ukb_df_duplicated_name.Rd(956B)
--------ukb_gen_pcs.Rd(611B)
--------ukb_icd_prevalence.Rd(1KB)
--------icd9chapters.Rd(457B)
----README.md(3KB)
----tests()
--------testthat.R(60B)
--------testthat()
----inst()
--------extdata()
--------CITATION(367B)
----cran-comments.md(7KB)
----DESCRIPTION(1KB)