文件名称：PASHA: Parallelized Short Read Assembly:大型基因组最快的并行短读汇编程序之一。-开源
文件大小：1.22MB
文件格式：BZ2
更新时间：2024-05-20 14:16:16
开源软件
PASHA是使用de Bruijn图的大型基因组的并行短读汇编程序。 利用共享内存多核CPU和分布式内存计算集群，PASHA展示了其在合理的时间内用适度的计算资源执行大型基因组的高质量的创新组装的潜力。 我们使用三个较小的真实配对末端数据集进行的评估表明，与三个领先的组装商：Velvet，ABySS和SOAPdenovo相比，PASHA能够产生更好的组装，且具有可比的基因组覆盖率和错配率。 此外，PASHA在单个CPU上实现了所有三个数据集的最快速度。 对于人类基因组，PASHA通过ABySS达到了具有竞争力的组装质量，并且能够在约21小时内完成组装，这在相同的硬件配置下比ABySS快约2.38倍。