文件名称：dDocent:RAD排序的bash管道
文件大小：408KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 22:17:21
Shell
RADSeq生物信息学及其他 dDocent是对QC的简单bash包装器，可通过几乎任何类型的RAD序列进行组装，映射和调用SNP。 如果已经有了参考，则可以使用dDocent从几乎任何类型的NGS数据集中调用SNP。 它旨在在具有大内存容量和多个处理核心的基于Linux的计算机上运行，并且可以对其进行修改以在HPC上使用。 使用conda安装（推荐） > conda install -c bioconda dDocent # or into a fresh environment # > conda create -n environmentname -c bioconda dDocent 手动安装 > chmod +x ./install_dDocent_requirements > sh ./install_dDocent_requirements “ d”是无声的 :shushing_face:
【文件预览】：
dDocent-master
----rad_haplotyper()
----install_dDocent_requirements(7KB)
----Sample Comparsion.png(296KB)
----Configuration_example(417B)
----LICENSE(1KB)
----.DS_Store(8KB)
----.gitmodules(109B)
----scripts()
--------dDocent_filters(9KB)
--------filter_hwe_by_pop.pl(3KB)
--------remake_reference.sh(17KB)
--------pop_missing_filter.sh(1KB)
--------RefMapOpt.sh(25KB)
--------.DS_Store(8KB)
--------untested()
--------ReferenceOpt.sh(19KB)
--------Rename_SequenceFiles.sh(784B)
--------ErrorCount.sh(3KB)
--------test(18KB)
--------remove.bad.hap.loci.sh(250B)
--------filter_missing_ind.sh(2KB)
----README.md(1008B)
----tutorials()
--------FilterTut(53KB)
--------Reference Assembly Tutorial.md(34KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------README.md(841B)
--------Filtering Tutorial.md(50KB)
--------RefTut(36KB)
----logo.png(29KB)
----Outdated()
--------install_dDocent.GATK_requirements(6KB)
--------dDocent.GATK(27KB)
--------Placeholder(12B)
----dDocent(57KB)
----dDocent_ngs.sh(36KB)
----Rename_for_dDocent.sh(551B)
----Rename_for_dDocent_with-INDEX.sh(505B)