文件名称：smallRNA-polymRNA:小RNA和多核糖体测序数据的处理和分析
文件大小：8.31MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-18 02:06:19
Shell
smallRNA-多核糖体序列 用于处理和分析小RNA和多核糖体测序数据的脚本。 使用WBcel235进行注释。 依存关系 fastQC（v0.11.9） cutadapt（v2.10） 领结2（v2.3.4.3） samtools（v1.11） miRDeep2（v2.0.1.2） FeatureCounts（Subread，v2.0.0） edgeR（v3.11） 生物基质（v2.46.0） HISAT2（v2.10） 管道 小RNA序列 秀丽隐杆线虫基因组注释： C.elegans.WBCel235.96.gtf.gz 秀丽隐杆线虫参考基因组： : 成熟的秀丽隐杆线虫miRNA： : cel fastQC（1）.sh ：读取质量的初步评估 cutadapt（1）.sh ：删除序列适配器 fastQC（1）.sh ：评估适配器移除后的读取质量 bowtie2.
【文件预览】：
smallRNA-polymRNA-main
----featureCounts_annotation(2).R(1KB)
----cutadapt(2).sh(2KB)
----sam_to_bam(1).sh(1KB)
----README.md(2KB)
----cutadapt(1).sh(2KB)
----fastQC(1).sh(1KB)
----filter_pairs.sh(633B)
----C.elegans.WBcel235.96.gtf.gz(8.84MB)
----featureCounts_annotation(1).R(2KB)
----remove_duplicates.sh(583B)
----sam_to_bam(2).sh(614B)
----bowtie2.sh(696B)
----gene_duplicates.txt(45B)
----sort_bam.sh(647B)
----fastQC(2).sh(911B)
----hisat2.sh(1KB)
----edgeR_polysome_analysis.R(2KB)
----edgeR_miRNA_analysis.R(4KB)
----miRDeep2.sh(622B)