文件名称：Opera:最佳基因组支架程序-开源
文件大小：323KB
文件格式：GZ
更新时间：2024-06-19 10:27:04
开源软件
Opera（Optimal Paired-End Read Assembler）是一个序列组装程序（http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly）。 它使用来自双端或长读取的信息来优化排序和定向从鸟枪测序读取组装的重叠群。 一个名为 OPERA-LG 的更新版本已经过重新设计，具有用于组装大型复杂基因组的功能。 Song Gao、Denis Bertrand、Burton KH Chia 和 Niranjan Nagarajan。 OPERA-LG：高效且精确的大型、富含重复序列的真核基因组的支架，并具有性能保证。 基因组生物学，2016 年 5 月，doi：10.1186/s13059-016-0951-y。 宋高，宋永健，Niranjan Nagarajan。 Opera：用高通量双端序列重建最佳基因组支架。 计算生物学杂志，2011 年 9 月，doi:10.1089/cmb.2011.0170。
【文件预览】：
OPERA-LG_v2.0.6
----src()
--------CommonFunction.h(853B)
--------QuadProg.cpp(21KB)
--------configureReader.cpp(6KB)
--------.DS_Store(12KB)
--------LibInfo.h(603B)
--------FinalScaffold.h(688B)
--------ContigConverter.h(2KB)
--------CommonFunction.cpp(4KB)
--------GapCorrecter.h(2KB)
--------opera.cpp(196KB)
--------StartPoint.cpp(716B)
--------opera.h(11KB)
--------ScaffoldResult.cpp(742B)
--------FinalScaffold.cpp(764B)
--------ContigConverter.cpp(35KB)
--------PartialScaffold.cpp(8KB)
--------Array.cpp(1KB)
--------._.DS_Store(120B)
--------ARTreeNode.h(618B)
--------SinglePet.cpp(2KB)
--------Tree.cpp(3KB)
--------ARTreeNode.cpp(2KB)
--------MapConverter.cpp(50KB)
--------configureReader.h(488B)
--------PartialScaffold.h(5KB)
--------QuadProg.h(3KB)
--------Makefile(314B)
--------ScaffoldResult.h(752B)
--------LibInfo.cpp(919B)
--------._MapConverter.cpp(171B)
--------Graph.h(5KB)
--------PetLibrary.h(3KB)
--------Configure.h(4KB)
--------._Configure.h(171B)
--------Contig.h(11KB)
--------Array.h(60KB)
--------StartPoint.h(387B)
--------._MapConverter.h(171B)
--------PetLibrary.cpp(4KB)
--------TreeNode.h(425B)
--------._ContigConverter.cpp(171B)
--------PET.cpp(12KB)
--------Tree.h(892B)
--------._Configure.cpp(171B)
--------PET.h(5KB)
--------TreeNode.cpp(887B)
--------SinglePet.h(1018B)
--------MapConverter.h(6KB)
--------Configure.cpp(3KB)
--------Graph.cpp(46KB)
--------GapCorrecter.cpp(6KB)
--------Contig.cpp(28KB)
----Makefile(79B)
----README(12KB)
----multiLib_example.config(751B)
----bin()
--------filter_conflicting_edge.pl(6KB)
--------OPERA-long-read.pl(23KB)
--------preprocess_reads.pl(8KB)
--------OPERA-LG(447KB)
--------filter_repeat.pl(391B)