文件名称：fwd-dream：疟疾传播和进化的前瞻性模拟
文件大小：8.15MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-29 17:27:41
JupyterNotebook
疟疾传播和进化的向前-time仿真：包括d裂痕，R ecolonisation，电子xtinction，一个dmixture并且m eiosis。
安装
forward-dream是在python中实现的，可以使用安装依赖项：
git clone https://github.com/JasonAHendry/fwd-dream.git
cd fwd-dream
conda env create
conda activate dream
基本用法
注意：用法正在更新
首先，激活conda环境：
conda activate dream
然后，在/fwd-dream目录中，运行：
python simulation.py -e
【文件预览】：
fwd-dream-master
----figs()
--------sec0_default-prevalence.png(56KB)
--------sec0_default-genetics.png(196KB)
----bin_intervention-experiment.py(6KB)
----images()
--------logo.ai(1.81MB)
--------logo.png(31KB)
----simulation.py(26KB)
----environment.yml(166B)
----gen_intervention-experiment.py(4KB)
----analyse_intervention-timings.py(11KB)
----gen_correlation-experiment.py(8KB)
----parse_logs.py(4KB)
----params()
--------README.txt(3KB)
--------param_artemisinin.ini(1KB)
--------param_bednets.ini(1KB)
--------param_default-example.ini(670B)
--------param_insecticide.ini(1KB)
--------param_seasonality.ini(3KB)
----results()
--------.gitignore(71B)
----gen_submit.py(2KB)
----.gitignore(664B)
----lib()
--------core.py(14KB)
--------generic.py(518B)
--------data_collection.py(23KB)
--------plotting.py(15KB)
--------epochs.py(23KB)
--------__init__.py(0B)
--------temporal_binning.py(5KB)
--------diagnostics.py(3KB)
--------preferences.py(4KB)
--------response.py(5KB)
----gen_summary-table.py(3KB)
----README.md(6KB)
----run_simulation.sh(1KB)
----notebooks()
--------sec2_r2-comparison.ipynb(196KB)
--------sec3_recovery-ibd.ipynb(356KB)
--------sec3_trajectory-tajd.ipynb(211KB)
--------sec0_plot-default-example.ipynb(275KB)
--------sec3_response-trajectories-crash.ipynb(338KB)
--------sec2_expected-prevalence.ipynb(164KB)
--------sec1_equilibrium.ipynb(307KB)
--------sec4_main-sm.ipynb(933KB)
--------sec1_verify-moran-model.ipynb(341KB)
--------sec3_response-cdfs.ipynb(500KB)
--------sec3_3epoch.ipynb(516KB)
--------secR_revisiting-IBD-calculations.ipynb(518KB)
--------secR_infinite-alleles.ipynb(44KB)
--------sec3_rolling-mean.ipynb(746KB)
--------sec3_trajectory-sm.ipynb(355KB)
--------sec2_colinear-statistics.ipynb(479KB)
--------sec3_trajectory-averaged-sm.ipynb(429KB)
--------sec2_boxplots.ipynb(569KB)
--------sec4_main.ipynb(269KB)
--------sec0_estimating-equilibrium.ipynb(238KB)
--------sec2_gen-variable-prevalence.ipynb(469KB)
--------sec3_response-trajectories-recovery.ipynb(318KB)