文件名称：CobraTools.jl:CobraTools是一个Julia软件包，用于基于约束的代谢模型重建和分析
文件大小：2.57MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-29 01:07:21
Julia
CobraTools.jl CobraTools.jl是Julia软件包，用于基于约束的代谢模型重建和分析。 文献资料 测验 覆盖范围 该软件包旨在在Julia环境中提供基于约束的重构和分析（COBRA）工具，类似于Python中的Cobrapy和Matlab中的Cobra Toolbox。 该软件包提供基本的便捷功能，例如模型IO，构造，修改以及FBA，pFBA，采样等。它还可用于与和进行接口。 更重要的是，它还使用户接触到COBRA中使用的核心结构，例如化学计量矩阵等，从而可以尽可能轻松地编写自定义优化例程（很大程度上归因于 ）。 通过openCOBRA，托管的替代Julia包 ，也存在，但其范围超过限制CobraTools.jl 。 安装 要安装此软件包： ] add https://github.com/stelmo/CobraTools.jl 。 有关更多信息，请参见文档。
【文件预览】：
CobraTools.jl-master
----notebooks_and_scripts()
--------equilibrator-coverage.jl(1KB)
--------dgzero_kcat.jl(2KB)
--------turingtest.jl(3KB)
--------testsampler.jl(2KB)
--------testpkg.jl(3KB)
----.github()
--------workflows()
----models()
--------iJO1366.xml(10.44MB)
--------iJO1366.json(2.81MB)
--------iJO1366.mat(36.99MB)
--------e_coli_core.json(169KB)
----src()
--------external()
--------CobraTools.jl(2KB)
--------base()
--------sampling()
--------io()
--------optimization_analysis()
--------init_functions.jl(2KB)
--------construction()
----Project.toml(1KB)
----deps()
--------build.jl(2KB)
--------buildfuncs.jl(2KB)
----test()
--------testing_functions.jl(2KB)
--------runtests.jl(726B)
--------external()
--------base()
--------sampling()
--------io()
--------optimization_analysis()
--------data()
--------construction()
----LICENSE.md(1KB)
----README.md(5KB)
----docs()
--------src()
--------Project.toml(88B)
--------make.jl(701B)
----.gitignore(804B)