matlab分析成绩代码-plmDCA:plmDCA

时间:2024-06-16 18:21:36
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文件名称:matlab分析成绩代码-plmDCA:plmDCA

文件大小:637KB

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更新时间:2024-06-16 18:21:36

系统开源

matlab分析成绩代码plmDCA 该存储库包含用于plmDCA的MATLAB代码(以及随附的C编写例程)。 plmDCA将多序列比对作为输入,并返回各列之间成对(直接)相互作用的得分。 该方法的详细描述如下: (1)M.Ekeberg,C.Lövkvist,Y.Lan,M.Weigt,E.Aurell,改善蛋白质中的接触预测:使用拟似然性推断Potts模型,Phys。 修订版E 87,012707(2013) (2)M.Ekeberg,T.Hartonen,E.Aurell,快速伪似然最大化,用于直接分析许多同源氨基酸序列的蛋白质结构,J.Comput。 物理276,341-356(2014) 如果您使用plmDCA(已修改或原样)进行自己的研究,请引用上面的论文。 有关版权条件和有关如何使用该代码的说明,请参见文件。 发送评论和建议至magnus.ekerberg(at)gmail(dot)com。 plmDCA有两种版本:(1)中的原始“对称”版本和(2)中的新“非对称”版本。 后者速度更快,同时产生的输出与原始输出几乎相同。 因此,目前,我们建议使用不对称的变体。 关键词:p


【文件预览】:
plmDCA-master
----LICENSE.txt(971B)
----README.md(1KB)
----plmDCA_asymmetric_v2()
--------test_examples()
--------functions()
--------plmDCA_asymmetric.m(8KB)
--------mexAll.m(178B)
--------3rd_party_code()
--------readme.txt(3KB)

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