文件名称：matlab如何敲代码-PlmDCA:Julia（Julia）中蛋白质的伪似然最大化
文件大小：334KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 02:09:28
系统开源
matlab如何敲代码PlmDCA 中的伪似然最大化。 有关该算法的完整说明，请参见。 如果使用此算法，则应引用： M. Ekeberg，C.Lovkvist，Y.Lan，M.Weigt，E.Aurell，改善蛋白质中的接触预测：使用拟似然性推断Potts模型，Phys。 修订版E 87，012707（2013） M. Ekeberg，T。Hartonen，E.Aurell，用于从许多同源氨基酸序列进行蛋白质结构直接耦合分析的快速拟似然性最大化（补充材料） 本软件是上述论文的Julia实现，没有参考原始的MATLAB实现。 该代码现在至少需要Julia版本1.5或更高版本。 安装 要安装，只需使用包管理器并执行 (v1.?) pkg> add https://github.com/pagnani/PlmDCA 概述 内部使用的代码为免费/开源提供了Julia接口。 用法 要加载代码，只需键入 julia> using PlmDCA 编写此软件包中的功能可最大程度地提高性能。 大多数计算JULIA_NUM_THREADS函数可以使用多个线程（使用-t选项启动julia或设置JULIA_N
【文件预览】：
PlmDCA-master
----.travis.yml(340B)
----Project.toml(827B)
----Manifest.toml(9KB)
----data()
--------PF00014.fasta(1.15MB)
--------pf14short.fasta(239KB)
----.github()
--------workflows()
----test()
--------testmi.jl(185B)
--------testcorr.jl(352B)
--------test.fasta(24B)
--------testdca.jl(3KB)
--------runtests.jl(559B)
----appveyor.yml(1KB)
----src()
--------plmdca_sym.jl(7KB)
--------PlmDCA.jl(448B)
--------types.jl(1KB)
--------decimation_sym.jl(4KB)
--------decimation_asym.jl(3KB)
--------plmdca_asym.jl(8KB)
--------mi.jl(5KB)
--------utils.jl(2KB)
----LICENSE.md(1KB)
----.gitignore(48B)
----REQUIRE(33B)
----README.md(4KB)