文件名称：ph_datasets:持久同源性数据集
文件大小：72.47MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 02:03:13
ph_datasets 持久同源性数据集 拉巴丹实验室（Rabadan Lab）在将持久同源性应用于基因组学问题的出版物中使用了收集的数据集。 Chan，J.，Carlsson，G.和Rabadan，R.病毒进化拓扑。 美国国家科学院院刊110.46（2013）18566-18571。 pnas2013/avian_HA_nt_concat_jukes_cantor.csv ：流感的HA片段。 将具有琐碎的拓扑。 使用Jukes-Cantor度量作为距离矩阵，以列的方式排列在对角线的下部。 [Matlab的seqpdist输出] pnas2013/avian_all_nt_concat_jukes_cantor.csv ：流感的串联片段。 将具有非平凡的拓扑。 使用Jukes-Cantor度量作为距离矩阵，以列对角线的方式排列在下对角线上。 [Matlab的seqpdist输出]
【文件预览】：
ph_datasets-master
----pnas2013()
--------avian_all_nt_concat_jukes_cantor.csv(36.54MB)
--------avian_HA_nt_concat_jukes_cantor.csv(36.61MB)
--------avian_NA_nt_concat_jukes_cantor.csv(36.62MB)
----hiv()
--------HIV1_FLT_2014_genome_DNA.p-dist.csv(23.96MB)
--------HIV1_FLT_2014_env_DNA.p-dist.csv(65.5MB)
--------HIV1_FLT_2014_gag_DNA.p-dist.csv(50.38MB)
--------HIV1_FLT_2014_pol_DNA.p-dist.csv(20.51MB)
----TARGet()
--------Divergent_Populations_Isolated.fa(92KB)
--------Divergent_Populations_Migration.fa(92KB)
--------Darwin_Finches.fa(16KB)
----ms()
--------n5000(8.68MB)
--------n10000(19.34MB)
--------n20000(40.3MB)
----README.md(4KB)
----icml2014()
--------ms_n100_t500_r0.csv(178KB)
--------ms_n100_t500_r100.csv(276KB)