gawn:没有噩梦的基因组注释

时间:2024-06-08 08:07:59
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文件名称:gawn:没有噩梦的基因组注释

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更新时间:2024-06-08 08:07:59

pipeline genomics genome-annotation transcriptome Perl

GAWN v0.3.2 没有噩梦的基因组注释 通过开发在的搭配建议和重要贡献代码实验室 。 描述 GAWN是一个基因组注释管道,它使用来自相同物种或相关物种的组装转录组(在核仁中而不是在氨基酸中)来创建基于证据的基因组注释。 它的主要目标是提供足够好的基因组注释,而所需的时间和精力只用于运行更完整的基因组注释管道。 它使用现有工具(例如GMAP,TransDecoder,blastx,Swissprot数据库等)来生成注释。 结果文件为: GFF3批注文件 笔录注释.tsv表 基因组注释.tsv表 .tsv表的格式设置为最大程度地提高了非专业用户的可用性。 用例 这种方法对于注释具有良好组装转录组的物种的基因组特别有用。 当相关物种有良好的转录组时,它也将起作用。 它仅提供可用转录本的基因注释。 因此,它不依赖于从头算基因预测模型。 分析概述 在分析过程中,执行以下步骤: 索引基因组(


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