osg-blast:OSG的分布式blast执行脚本

时间:2024-05-23 16:52:40
【文件属性】:

文件名称:osg-blast:OSG的分布式blast执行脚本

文件大小:24KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-23 16:52:40

JavaScript

OSG Blast(V3) ncbi-blast工作流程提交脚本 osg-blast提交工作流以针对大型blast数据库对大型输入查询运行blast搜索。 osg-blast旨在在Open Science Grid和启用了glidein的提交主机(例如xd-login.opensciencegrid.org或login.osgconnect.net)上运行。 它还需要访问提交节点本身上的本地作业执行-对于由于资源占用过多而无法在OSG站点上执行的爆炸作业。 从ncbi安装blast 首先,您需要从ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz下载最新的blast可执行文件。将/ bin目录添加到您的PATH 安装osg-blast osg-bl


【文件预览】:
osg-blast-master
----merge6.sh(363B)
----blast.sh(7KB)
----.npmignore(25B)
----README.md(7KB)
----.gitignore(42B)
----common.js(9KB)
----bin()
--------osg-blast-merge6(902B)
--------osg-blast-split(1KB)
--------osg-blast-pubdb(1KB)
--------osg-blast-merge5(3KB)
--------osg-blast-gendag(7KB)
--------osg-blast-checkoutput(3KB)
--------osg-blast.old(2KB)
--------osg-blast-test(11KB)
--------osg-blast-merge5.block.py(4KB)
--------osg-blast(1KB)
----package.json(964B)

网友评论