文件名称：PLEK:基于 k-mer 方案的长链非编码 RNA 和 mRNA 的预测器-开源
文件大小：53.88MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-07-18 13:05:55
开源软件
安装先决条件： 1. Linux 2. C/C++ 编译器（即gcc、g++） 3. Python 2.5.0 或更高版本（http://www.python.org/） 步骤： 1. 下载PLEK.1.2。从 https://sourceforge.net/projects/plek/files/ 下载 tar.gz 并解压。 $ tar zvxf PLEK.1.2.tar.gz 2. 编译 PLEK。 $ cd PLEK.1.2 $ python PLEK_setup.py 用法 python PLEK.py -fasta fasta_file -out output_file -thread number_of_threads -minlength min_length_of_sequence -isoutmsg 0_or_1 -isrmtempfile 0_or_1 示例：1. $ python PLEK.py predicted_fasta - -thread 10 2. $ python PLEK.py -fasta PLEK_test.fa -out 预测 -thread
【文件预览】：
PLEK.1.2
----PLEK.model(126.5MB)
----PLEK.range(25KB)
----PLEK_known_bugs.txt(89B)
----PLEK_howto_generate_scripts.doc(27KB)
----PLEK_howto_generate_scripts.txt(3KB)
----svm_grid_modelling_singlet.py(7KB)
----PLEK.py(16KB)
----PLEK_kmer.h(47KB)
----PLEK_howto_generate_scripts.pdf(327KB)
----PLEK_test.fa(4.49MB)
----PLEK_generate_scripts.R(5KB)
----svm.cpp(64KB)
----PLEK_spsn.c(8KB)
----PLEK_recommendation.txt(507B)
----PLEK_main.c(10KB)
----PLEKModelling.py(26KB)
----svm-scale.c(8KB)
----PLEK_release_notes.txt(844B)
----PLEK_mRNAs.fa(3.3MB)
----svm-train.c(9KB)
----svm_grid_modelling.py(17KB)
----PLEK_fastafile.h(62KB)
----PLEK_lib.h(2KB)
----svm.h(3KB)
----svm-predict.c(6KB)
----svm-subset.py(3KB)
----PLEK_setup.py(2KB)
----svm-easy.py(3KB)
----PLEK.1.2.readme.txt(9KB)
----PLEK_lncRNAs.fa(1.19MB)