文件名称：signe-gr-chip-seq:等位基因特异的ChiPseq分析
文件大小：18.38MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 14:23:16
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等位基因特异的ChiPseq分析 通过Anastasiia Hryhorzhevska 本自述文件将被更新 使用DiffBind创建并集峰列表/集合：a）峰过滤b）样品过滤：一些样品的峰非常低。 c）联合列表 当前，每个样品的峰分别被调用。 接下来，您需要确定哪些峰是“有效的”，例如，至少有10％的样品中调用的峰是有效的。 注意：对于DEX和车辆条件，应首先分别评估VALID峰，对于分析，应使用这些列表的并集。 差异分析。 通常，在ChIPseq中，您具有输入或IgG对照，并且需要使用特殊工具进行差异分析。 这种设计是不同的，针对治疗条件（veh vs. dex），可以与DEseq或edgeR中的相应RNAseq数据分析进行非常相似的差异分析。 您还可以在DiffBind（称为DeSeq）中运行差异分析。 等位基因特异性结合：生成等位基因特异性计数矩阵并执行RasQUAL（R包装）
【文件预览】：
signe-gr-chip-seq-main
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--------Sample_Sheet_DiffBind.csv(4KB)
--------id_mapping.csv(3KB)
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--------02_GR_SNPs_hg19.txt(116KB)
--------chipseq_diffbind_sample_sheet.csv(28KB)
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--------02_Explore_peaksets.html(1.66MB)
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--------get_read_counts.sh(411B)
----03_results()
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--------04_GRSNP_SNP_TO_ChIP_BINDING_SITES_DISTANCES_DEX.csv(258KB)
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--------02_STARR_SNP_TO_ChIP_BINDING_SITES_DISTANCES_VEH.csv(17KB)
--------01_STARR_SNP_TO_ChIP_BINDING_SITES_DISTANCES_DEX.csv(17KB)
--------count_mtrx_dex_for_rasqual.txt(372KB)
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--------05_GRSNP_SNP_TO_ChIP_BINDING_SITES_DISTANCES_VEH.csv(260KB)
--------count_mtrx_veh_for_rasqual_vcf_samples_order.txt(57KB)
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--------union_peakset.tsv(98KB)
--------dba_ChIPseq_obj_Signe.rds(5.65MB)
--------count_mtrx_dex_for_rasqual_sample.txt(1KB)
--------03_STARR_SNP_TO_ChIP_BINDING_SITES_DISTANCES_VEH_DEX.csv(18KB)
--------count_mtrx_dex_for_rasqual.csv(375KB)
--------chipseq_veh_samples.txt(768B)