文件名称：ABC:来自 Chip-seq 的等位基因特异性结合
文件大小：13KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-19 18:41:55
Perl
指示 ABC --（来自 ChIP-Seq 的等位基因特异性结合） 在 ChIP-Seq 实验的比对读数中的已知杂合位置识别潜在的等位基因特异性结合事件。 ABC 至少需要两 (2) 个文件，一个 ChIP-Seq 实验的排序 BAM/SAM 文件和一个包含杂合单核苷酸变体 (SNV)（SNP 和/或突变）的位置、链和等位基因信息的文件。 ABC 通过识别 SNV 等位基因分布中的偏差，同时试图控制潜在的假阳性来调用等位基因特异性结合。 如果您有基因组序列数据，您可以使用 DNA 中的等位基因比率作为预期频率来控制染色体拷贝数。 警告 在选择 SNV 时应谨慎。 重复中的纯合SNV或SNV似乎具有很强的等位基因特异性作用。 建议您在运行 ABC 之前过滤 SNP（即那些映射到一个motif）。 此外，ABC 不过滤重复读取，因此用户可能希望在运行 ABC 之前删除重复读取。 运行 A
【文件预览】：
ABC-master
----README.md(8KB)
----ABC.pl(36KB)