文件名称：Novel-X:具有10倍读取的新型插入检测
文件大小：14.26MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-24 09:26:45
Python
Novel-X：使用链接阅读的新型序列插入检测 Novel-X使用非平凡的读取比对标记和障碍信息来检测10X测序数据集中新序列插入并对其进行基因分型。 目录 安装 要开始使用Novel-X，请递归克隆此存储库： git clone --recursive git@github.com:1dayac/Novel-X.git 如果您以非递归方式克隆存储库，则Novel-X将无法正常工作。 要从Novel-X文件夹修复此运行，请执行以下操作： git submodule update --init --recursive Novel-X是基于流行的Snakemake工作流管理系统的管道，由多个步骤组成，并且需要大量外部软件。 首先，应安装以下软件（用于测试的版本号显示在bracets中，但其他版本也应适用）： Longranger（2.15版）- 天鹅绒（提交9adf09f） - -过时
【文件预览】：
Novel-X-master
----cleanmega(9KB)
----.gitmodules(83B)
----bamtofastq(6.19MB)
----interleave.sh(1KB)
----contig_length_filter.py(496B)
----split_fasta.py(368B)
----requirements.txt(53B)
----demo()
--------demo.bam(12.33MB)
--------demo.fasta(35KB)
----LICENSE(1KB)
----contig_coverage_filter.py(726B)
----minimap_to_vcf.py(12KB)
----filter_correct_record.py(689B)
----README.md(6KB)
----novel-x.py(3KB)
----remove_contaminations.py(2KB)
----find_contaminations.py(2KB)
----Snakefile(8KB)
----bxtools()
----conda-env.yml(221B)
----path_to_executables_config.json(173B)