文件名称：SNP_calling_GATK
文件大小：38KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-05 00:24:20
Shell
SNP_calling_GATK 这是运行GATK调用高质量SNP的逐步步骤，它旨在在集群上运行。 该脚本是通过实施Genome Analysis Toolkit（GATK）而构成的全基因组植物SNP调用管道的一部分。 有关GATK的更多信息，请访问： ://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us 可以在github中找到此管道的详细说明： : 作者：Taslima Haque 上次修改时间：2021年2月12日 请将您的查询发送给作者： 或 它期望什么？ 这是每个脚本的示例标头，它们期望跟随变量： refDir = / work / 02786 / taslima / dbs / PH＃参考基因组文件所在的参考目录 ref = PhalliiHAL_496_v2.0.softmasked.fa＃参考基因组文件的名称 outDir = / scratch
【文件预览】：
SNP_calling_GATK-master
----06-BamIndex-round-1.sh(3KB)
----16-Picard-MergeVCF.sh(4KB)
----05-Add-Readgrp.sh(3KB)
----slurm.sh(462B)
----09-Samtools-Bam-Split.sh(3KB)
----15-GATK-FilterVCF.sh(3KB)
----02-Qual-filter.sh(3KB)
----15-GATK-HaplotypeCallerMultisam.sh(4KB)
----01-02-interleave-sample.sh(3KB)
----01-01-Decompress.sh(2KB)
----13-PicardSort.sh(4KB)
----01-03-Rename-sample.sh(3KB)
----15-GATK-HaplotypeCaller.sh(4KB)
----README.md(4KB)
----11-GATK-TargetRealign.sh(5KB)
----08-BamIndex-round-2.sh(3KB)
----04-Map-Filter.sh(3KB)
----03-02-Map-sample-pair.sh(3KB)
----03-01-Map-Index.sh(3KB)
----07-MarkDup.sh(3KB)
----03-02-Map-sample.sh(3KB)
----14-BamIndex-round-4.sh(3KB)
----12-GATK-IndelRealign.sh(3KB)
----10-BamIndex-round-3.sh(3KB)
----00-create-path.sh(3KB)