【文件属性】：
文件名称：vAMPirus:与Nextflow管道管理器集成的自动化病毒扩增子测序分析程序
文件大小：17.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-30 03:49:51
virus nextflow viruses amplicon amplicon-sequencing
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运行vAMPirus
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快速介绍
病毒是地球上最丰富的生物实体，并且随着下一代测序技术的发展，人们在解密全球病毒及其对自然的影响方面做出了巨大努力（Suttle 2007； Breitzart 2019）。 在实验室或环境中研究病毒的常用方法是扩增子测序，这是一种经济有效的研究病毒多样性和群落动态的方法。 扩增子测序的高度靶向性允许对特定分类学组内的遗传变异进行深入表征，从而促进病毒的发现和样品中的筛选。 虽然，生成的大量扩增子数据与跨不同基因和病毒类型的病毒进化的高度可变性相结合，可能会使分析方法难以规模化和标准化。 在这里，我们介绍了vAMPirus（ https://github.com/Aveglia/vAMPirus.git ），这是一个自动化且易于使用的病毒扩增子测序分析程序，与Nextflow工作流管理器集成在一起，可简化分析的可扩展
【文件预览】：
vAMPirus-master
----Dockerfile(422B)
----.gitignore(177B)
----vAMPirus.nf(213KB)
----README.md(16KB)
----vampirus_env.yml(754B)
----bin()
--------vAMPirus_ReportA.Rmd(25KB)
--------virtualribosomev2()
--------vAMPirus_ReportB.Rmd(26KB)
--------get_readstats.sh(1KB)
--------vAMPirus_DC_Report.Rmd(15KB)
--------rename_seq.py(543B)
----docs()
--------HelpDocumentation.md(94KB)
----LICENSE(1KB)
----vampirus_startup.sh(16KB)
----vampirus.config(12KB)
----GETTING_STARTED.txt(2KB)
----example_data()
--------conf()
--------test_reads()
--------testmeta.csv(95B)
----to-do.list(112B)
----vampirus_meta.csv(131B)