【文件属性】：
文件名称：交叉验证LOOCVmatlab代码-AMVML:AMVML
文件大小：5.54MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-13 09:09:45
系统开源
交叉验证LOOCV
matlab代码AMVML
基于自适应多视图多标签学习的潜在
miRNA-疾病关联预测
有关详细信息，请参阅
Readme.pdf
文件。
方法说明
AMVML
是一种计算框架，可以有效且可靠地发现潜在的疾病相关
miRNA。
它从多个生物数据源自适应地学习疾病和
miRNA
的新亲和力图。
它还基于多重学习同时更新从两个空间预测的
miRNA-疾病关联。
特别是
AMVML
的收敛性已经在理论上得到了证明，相应的分析表明它具有较快的收敛速度。
还值得一提的是，如果有更多可用的生物数据集，AMVML
可以轻松扩展。
要求
AMVML
是在
MATLAB
2014b
环境中开发的，但它应该适用于所有
MATLAB
版本。
用法
我们为用户提供了两个函数，案例研究和全局留一法交叉验证（LOOCV）。
要运行案例研究，请将脚本“caseStudy.m”加载到您的
MATLAB
编程环境中，然后单击“运行”。
要运行全局LOOCV，请相应地加载脚本'global_loocv.m'，其他操作与案例研究相同。
用户还可以在标准命令行模式下运行脚本，您应该为每个函数分别输入以下命
【文件预览】：
AMVML-master
----EProjSimplex.m(594B)
----output()
--------case_study.mat(1.03MB)
----GaussianKernel.m(1KB)
----datasets()
--------miRNANames.txt(9KB)
--------miR_sim.mat(6.92MB)
--------diseaseNames.txt(8KB)
--------disease_sim.mat(841KB)
--------miR_disease.mat(1.42MB)
----GetCaseStudy.m(346B)
----caseStudy.m(847B)
----miniJob.m(679B)
----GetGlobalPosition.m(2KB)
----README.md(2KB)
----diff_exp_miRs()
--------TCGA-COAD_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-READ_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-LIHC_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-STAD_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-ESCA_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-PRAD_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-BLCA_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-THCA_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-BRCA_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-PAAD_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-SKCM_edgeR.txt(3KB)
--------TCGA-HNSC_edgeR.txt(3KB)
----MultiViewPrediction.m(1KB)
----overall_case_study_results.zip(2.11MB)
----Readme.pdf(195KB)
----L2_distance_1.m(346B)
----global_loocv.m(835B)
----alternativeUpdate.m(1KB)
----case_study_cross_validation()
--------45_Leukemia, Myeloid, Acute.txt(1KB)
--------42_Thyroid Neoplasms.txt(1KB)
--------49_Prostatic Neoplasms.txt(1KB)
--------Readme(140B)
--------50_Pancreatic Neoplasms.txt(1KB)
--------50_Breast Neoplasms.txt(1KB)
--------49_Stomach Neoplasms.txt(1KB)
--------49_Lymphoma.txt(1KB)
--------35_Urinary Bladder Neoplasms.txt(1KB)
--------46_Carcinoma, Hepatocellular.txt(1KB)
--------49_Ovarian Neoplasms.txt(1KB)
--------48_Colorectal Neoplasms.txt(1KB)