文件名称：Re-Annotator:重新注释微阵列探针-开源
文件大小：11KB
文件格式：GZ
更新时间：2024-07-21 12:12:27
开源软件
微阵列技术是高通量基因表达分析的成熟方法。 阵列探针与其目标基因之间的准确映射对于产生准确的生物学发现至关重要。 制造商通常会提供此类注释表。 然而，这些表依赖于较旧的基因组和转录组版本，这些版本与当前最先进的序列数据库有很大不同。 Re-Annotator 是用于基因表达微阵列的重新注释管道，它将带来最新的探针注释！ 描述 Re-Annotator 及其优势的论文的预印本可在 bioRxiv 获得：http://biorxiv.org/content/early/2015/05/21/019596
【文件预览】：
ReAnnotator
----parse_avinFromRawGenomeIlmnAnno.pl(2KB)
----add_snpInfo2FullReads.pl(2KB)
----._add_refgene2RawGenomeReads.pl(181B)
----config.sh(851B)
----BuildExomeReference.pl(3KB)
----._parse_avinFromRawGenomeIlmnAnno.pl(181B)
----run_realignment.sh(1KB)
----._add_snpInfo2FullReads.pl(181B)
----parse_samHit2Coordinates.pl(10KB)
----parse_fastaFromOriginIlmnAnno.pl(666B)
----README.txt(3KB)
----aln_bwa.sh(655B)
----._parse_fastaFromOriginIlmnAnno.pl(181B)
----add_refgene2RawGenomeReads.pl(2KB)
----ReAnnotator.sh(816B)
----parse_unalignedReadsFromSam.pl(767B)
----._parse_unalignedReadsFromSam.pl(181B)
----run_coordinateConversion.sh(734B)
----parse_avinFromFullIlmnAnno.pl(2KB)
----run_genome_snp_annotation.sh(2KB)