文件名称：distiller-nf:模块化的Hi-C映射管道
文件大小：498KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-27 09:58:06
pipeline nextflow hi-c Groovy
蒸馏器 模块化的Hi-C映射管道，用于可重现的数据分析。 distiller管道旨在提供以下功能： 将Hi-C分子的序列与参考基因组比对 解析.sam对齐并使用Hi-C对形成表单文件 过滤PCR重复项 将成对的成对矩阵进行Hi-C交互 安装 要求： Java 8的 奇异或docker（后者应能够不带root特权运行， ） 要设置新项目，请在项目文件夹中执行以下行： $ nextflow clone open2c/distiller-nf ./ 这将下载蒸馏器管道和配置文件。 然后： 在project.yml配置输入文件的位置和其他项目详细信息 在nextflow.config配置其他参数 使用local和cluster配置文件使用提供的硬件配置，或使用custom配置文件提供您自己的硬件配置 根据您的使用情况启动蒸馏器： 默认的硬件设置./configs/local.co
【文件预览】：
distiller-nf-master
----.gitignore(261B)
----nextflow.config(1KB)
----bin()
--------geo2yaml.py(7KB)
--------pyfilesplit(1KB)
----.travis.yml(1KB)
----LICENSE(1KB)
----sorted_chromsizes()
--------hg38.reduced.chrom.sizes(376B)
--------sacCer3.reduced.chrom.sizes(229B)
--------mm9.reduced.chrom.sizes(331B)
--------dm6.reduced.chrom.sizes(111B)
--------hg19.reduced.chrom.sizes(376B)
--------mm10.reduced.chrom.sizes(331B)
----README.md(2KB)
----configs()
--------cluster.config(2KB)
--------local.config(1KB)
----VERSION(16B)
----distiller.nf(24KB)
----environment.yml(462B)
----CHANGES.md(1KB)
----.gitattributes(31B)
----project.yml(9KB)
----test()
--------setup_test.sh(1KB)
--------test_project.yml(8KB)
----docker()
--------conda.list(8KB)
--------Dockerfile(1KB)
--------tag.sh(189B)
--------build.sh(393B)
--------apt.list(2.64MB)
--------deploy.sh(261B)