文件名称：细胞核中心matlab代码-S3segmenter:S3分段器
文件大小：28.83MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-13 22:29:50
系统开源
细胞核中心matlab代码“＃S3segmenter” S3segmenter是基于Matlab的一组功能，可生成单细胞（细胞核和细胞质）标签模板。 输入为： .ome.tif（最好是平场校正） 从深度学习模型（例如UNet）派生的3类概率图。 类包括背景，原子核轮廓和原子核前景。 每个核的中心是通过从核前景中找到局部最大值来获得的。 这些用于受核轮廓限制的标记控制的分水岭。 为了分割细胞质，将细胞核依次用于受细胞质标记物（例如B-连环蛋白）约束的标记物控制的分水岭分割。 必须指定该标记的通道号。 每个核周围的3像素环也将用于分割细胞质。 运行方法：在Matlab中，将路径设置为克隆存储库的文件夹。 类型：O2batchS3segmenterWrapperR（'/ path / to / files /'） 使用以下名称/值对参数可为您的实验自定义代码：ip.addParamValue（'HPC'，'false'，@（x）（ismember（x，{'true'，'false'}））））; ip.addParamValue（'fileNum'，1，@（x）（numel（x）> 0＆all
【文件预览】：
S3segmenter-master
----multiScaleAngleLoGKernel.m(699B)
----normalize.m(635B)
----bfCheckJavaPath.m(3KB)
----edgeliklRF.m(382B)
----bfCheckJavaMemory.m(2KB)
----Dockerfile(203B)
----derivatives.m(747B)
----batchS3segmenter.py(819B)
----S3CytoplasmSegmentation.m(6KB)
----O2batchKagglesegmenterWrapperR.m(5KB)
----deploysegmenter.sh(74B)
----steerableDetector.mexa64(65KB)
----rowit.py(3KB)
----circlikl.m(1KB)
----S3segmenter.sh(308B)
----untitled0.py(21KB)
----steerableDetector.m(1KB)
----bioformats_package.jar(30.24MB)
----filterGauss2D.m(924B)
----thresholdMinimumError.m(10KB)
----steerableDetector.mexw64(143KB)
----S3MeasureFeatures.m(2KB)
----bfGetReader.m(3KB)
----circcentlikl.m(2KB)
----bfGetFileExtensions.m(2KB)
----createMinimalOMEXMLMetadata.m(4KB)
----filterLoG.m(2KB)
----bfsave.m(5KB)
----S3segmenterOld.py(16KB)
----NEWS.rst(71KB)
----laws.m(1KB)
----S3measureIntShapeTextureFeatures.m(11KB)
----bfOpen3DVolume.m(2KB)
----README.md(3KB)
----kagglesegmenterWrapper.m(17KB)
----ridgelikl.m(366B)
----imClassify.m(1KB)
----bfUpgradeCheck.m(2KB)
----padarrayXT.m(9KB)
----bfInitLogging.m(2KB)
----S3punctaDetection.m(228B)
----RFSplitter.m(3KB)
----steerableDetector.mexmaci64(47KB)
----bfopen.m(8KB)
----is_octave.m(81B)
----O2batchS3segmenterWrapperR.m(6KB)
----S3segmenterWrapper.m(23KB)
----smorlet.m(2KB)
----filterMultiScaleMultiDirDConstrLoG.m(4KB)
----normI.m(196B)
----coreSegmenterFigOutput.m(2KB)
----pcImageFeatures.m(3KB)
----S3NucleiSegmentationWatershed.m(6KB)
----bfGetPlane.m(4KB)
----S3segmenter.py(23KB)
----haralickTextureFeatures.m(11KB)
----thresholdOtsu.m(2KB)