文件名称：细胞核中心matlab代码-KIRP-topological-features:KIRP拓扑功能
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文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-13 22:30:02
系统开源
细胞核中心matlab代码KIRP拓扑功能 在这个项目中，我们提出了一种新颖的生物图像信息学流水线，用于使用堆叠的稀疏自动编码器和Delaunay三角剖分图自动表征肿瘤微环境中不同细胞模式的拓扑组织。 我们将此渠道应用于从癌症基因组图集项目获得的190例乳头状肾细胞癌瘤患者的唯一公开的大型组织病理学图像数据集。 实验结果表明，所提出的拓扑特征可以成功地对具有独特生存期的早期和中期患者进行分层，并且表现出优于传统临床特征和细胞形态特征的性能。 该项目中的代码将复制提交给生物信息学的论文的结果，“与患者生存相关的肾脏肿瘤微环境中拓扑特征的识别”。 代码是用matlab和R编写的。 大纲 方法概述 下载组织学图像 如何运行代码 联系信息 方法概述 我们的方法包括两个模块：1）使用堆叠的稀疏自动编码器，然后进行kmeans聚类学习单元模式，以及2）基于Delaunay三角剖分图构造边缘袋直方图表示。 要了解不同的细胞模式，我们首先对细胞核进行分段，并在每个分段核的中心提取一个41 x 41的细胞膜片。 然后将这些单元补丁输入到堆叠的稀疏自动编码器中，以学习高级特征表示。 最后，我们在这些高级特