文件名称：delftrnaseq:代尔夫特生物信息学实验室使用的 RNA-Seq 管道
文件大小：305KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-20 20:37:24
Python
德尔福酶 代尔夫特生物信息学实验室用于配对和单端读取的 RNA-Seq 管道。 依赖关系 IBIDAS： : Trimmomatic： ://www.usadellab.org/cms/?page trimmomatic 明星： : SAMTOOLS： ://samtools.sourceforge.net/ 袖扣： : 通过安装以下功能可以提供更多功能： 三位一体： ://trinityrnaseq.sourceforge.net/ BLAST+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ HTSeq： ://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/overview.html FastQC： : Matplotlib： http :
【文件预览】：
delftrnaseq-master
----pipeline_isoform_dense_star_align.py(3KB)
----.gitignore(9B)
----pipeline_isoform_dense_star_genome_generate.py(729B)
----pipeline_isoform_dense_genome_split.py(2KB)
----pipeline_isoform_dense_star_splice.py(2KB)
----pipeline.py(13KB)
----pipeline_unmapped_blast.py(1KB)
----pipeline_star_align.py(2KB)
----pipeline_star_splice.py(2KB)
----pipeline_star_genome_generate.py(551B)
----pipeline_cds_gff.py(805B)
----pipeline_cuffdiff_combine.py(5KB)
----__init__.py(0B)
----pipeline_fastqc.py(636B)
----pipeline_read_distribution.py(4KB)
----pipeline_trinity_orf.py(847B)
----pipeline_analysis.py(6KB)
----readme()
--------rnaseq_dense_isoform.svg(1.22MB)
--------pipeline.png(64KB)
--------pipeline.graphml(57KB)
--------delftrnaseq.png(44KB)
--------rnaseq_dense_isoform.png(77KB)
----pipeline_genome_annot_format.py(414B)
----pipeline_post_star_al_index.py(384B)
----pipeline_notify.py(1KB)
----pipeline_star_pre_splice.py(326B)
----pipeline_cuffdiff.py(1KB)
----pipeline_quality.py(5KB)
----pipeline_trimmomatic.py(901B)
----get_list(213B)
----pipeline_conf_example.py(14KB)
----README.md(2KB)
----pipeline_common.py(33KB)
----pipeline_post_star_al_bam.py(454B)
----pipeline_isoform_dense_genome_unsplit.py(660B)
----pipeline_cufflinks_indiv.py(892B)
----utilities()
--------contamination_tables.py(1KB)
--------multi_test_corr.py(2KB)
--------enrichment.py(5KB)
--------get_is_dist.sh(530B)
--------splicing_statistics.py(19KB)
--------__init__.py(0B)
--------analysis_figures.py(9KB)
--------get_average_readlength.sh(272B)
--------quality_figures.py(4KB)
--------figure_tools.py(3KB)
--------misc.py(2KB)
--------split_genome.py(7KB)
--------stats.sh(118B)
--------latex.py(6KB)
----pipeline_pre_cufflinks_indiv_sort.py(465B)
----pipeline_cufflinks.py(768B)
----pipeline_pre_cufflinks_merge.py(256B)
----pipeline_post_star_al_sort.py(475B)
----pipeline_isoform_dense_cufflinks_rabt.py(1KB)
----pipeline_trinity.py(737B)
----pipeline_genome_annot.py(143B)
----pipeline_isoform_dense_analysis.py(6KB)
----pipeline_unmapped.py(5KB)
----pipeline_pre_cufflinks_sort.py(302B)
----pipeline_isoform_dense_star_pre_splice.py(447B)