文件名称：ABEEMσπ和OPLS-AA力场对蛋白质GA88/GB88的分子动力学模拟 (2013年)
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更新时间：2024-05-30 01:58:51
自然科学 论文
将原子与键电负性均衡方法融人分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及0PLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295K)和真空中的分子动力学模拟。比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况。结果表明,ABEEMσπ和0PLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半