文件名称：MicroarrayToolbox:常规微阵列分析功能
文件大小：40KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-27 16:18:27
R
微阵列工具箱 MicroarrayToolbox：用于常规微阵列分析的函数 MicroarrayToolbox 是一个 R 包，其中包含提供探索基因表达数据的基本功能的函数。 为了简化和标准化分析，预计将以 Broad Institute 提出的“gct”格式提供微阵列数据。 安装 MicroarrayToolbox 需要预先安装以下软件包： 数据表（CRAN） 质量 (CRAN) ggplot2 (CRAN) 注释（生物导体） org.Hs.eg.db（生物导体） GO.db（生物导体） RColorBrewer (CRAN) samr (CRAN) 要在您的系统上安装 MicroarrayToolbox，请使用“devtools”包： ## install.packages ("devtools") library (devtools) install_githu
【文件预览】：
MicroarrayToolbox-master
----.gitignore(8B)
----NAMESPACE(167B)
----R()
--------read-cls.R(1KB)
--------read-gct.R(2KB)
--------collapse-rows.R(328B)
--------compute-super-index.R(1KB)
--------check-extension.R(271B)
--------subset-gct-with-signature.R(219B)
--------prune-features.R(260B)
--------get-gene-annotation.R(1KB)
--------write-cls.R(938B)
--------get-gene-ontology.R(959B)
--------merge-gcts.R(382B)
--------instant-packages.R(3KB)
--------remove-invariant-features.R(193B)
--------ggplot-heatmap.R(2KB)
--------prune-samples.R(255B)
--------subset-gct-samples-with-logical.R(172B)
--------write-gct.R(1KB)
--------ggplot-mds.R(2KB)
--------sam.R(3KB)
----License.md(34KB)
----man()
--------scores.Rd(3KB)
--------sam.Rd(4KB)
--------GenePattern-functions.Rd(2KB)
--------checkExtension.Rd(707B)
--------subsetGCTsamples.Rd(1KB)
--------getGO.Rd(2KB)
--------rmInvariantFeatures.Rd(1KB)
--------pruneFeatures.Rd(1KB)
--------computeSuperIndex.Rd(2KB)
--------instant.pkgs.Rd(1KB)
--------getGeneAnnotation.Rd(2KB)
--------mergeGCTs.Rd(1KB)
--------collapseRows.Rd(1KB)
--------subsetGCTwithSig.Rd(1KB)
--------MicroarrayToolbox-package.Rd(744B)
--------ggHeat.Rd(1KB)
--------ggplotMDS.Rd(2KB)
----README.md(818B)
----DESCRIPTION(633B)
----NEWS(884B)