文件名称:rdf-vcf:RDF.rb阅读器,用于各种调用格式(VCF)文件
文件大小:1005KB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-05-28 15:17:10
Ruby
RDF :: VCF 这是阅读器插件,用于变异调用格式(VCF)文件,在生物信息学中广泛使用。 该项目源于和在,并在期间进一步发展。 注意:由于基于Java的VCF解析器,目前该项目需要JRuby 9.0(或更高版本)。 我们希望最终替代纯Ruby 。 特征 为VCF和BCF文件实现RDF.rb阅读器,还支持bgzipped文件。 包括一个称为vcf2rdf的CLI工具,用于将VCF文件转换为RDF。 例子 读取VCF文件 gem可以像其他任何RDF.rb阅读器插件一样使用: require 'rdf/vcf' RDF::VCF::Reader.open('Homo_sapiens.vcf.gz') do |reader| reader.each_statement do |statement| p statement end end 命令行界面(CLI) g
【文件预览】:
rdf-vcf-master
----.gitignore(68B)
----Makefile(220B)
----.rspec(69B)
----etc()
--------.gitkeep(0B)
----bin()
--------.gitkeep(0B)
--------vcf2rdf(614B)
----.travis.yml(283B)
----TODO(482B)
----doc()
--------.gitignore(10B)
--------examples()
----rdf-vcf.gemspec(2KB)
----UNLICENSE(1KB)
----CREDITS(0B)
----spec()
--------reader_spec.rb(68B)
--------record_spec.rb(68B)
--------spec_helper.rb(112B)
----README.md(2KB)
----VERSION(6B)
----lib()
--------rdf()
--------rdf-vcf.rb(18B)
----Gemfile(134B)
----README(9B)
----.yardopts(139B)
----AUTHORS(132B)
----Rakefile(631B)