文件名称：museqa：使用混合并行计算的多序列比对器
文件大小：1.13MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 06:49:19
c-plus-plus cuda pairwise-alignment hybrid-parallel-computing C++
穆塞卡 Museqa，发音为moo-zee-kah ，是用于混合并行计算环境的多序列比对器。 动机 在生物信息学中，多种生物序列的整体比对至关重要。 这使生物学家能够了解许多不同物种之间的进化关系。 但是，对该问题的最佳解决方案在计算上是困难的，即，如果序列的数量或此类序列的大小任意大，则不能及时执行。 作为替代方案，已经出现了几种方法作为对该问题的启发式方法。 该项目的重点是在其三个单独的步骤中使用混合并行计算探索和实现渐进式比对启发法。 系统发育树生成； 最后是渐进式对齐本身。 该启发式算法的时间复杂度为O（ n 2 l 2 + n 3 ），以对齐平均大小为l的n个序列。 注意，即使使用这种启发式方法，时间约束仍然是禁止的。 因此，该项目使用GPGPU并行性来攻击启发式算法的执行时间。 安装 到目前为止，只有该项目针对Unix / Linux环境和支持NVIDIA CUDA的GP