文件名称：HAlign:多序列比对工具
文件大小：2.42MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-13 04:16:02
hadoop-cluster multiple-sequence-alignment HTML
HAlign-II
HAlign-II 是一个基于 Java 的软件，它可以在 Hadoop 集群上独立对齐多个核苷酸/蛋白质序列。 Hadoop 并行计算环境具有更快的对齐速度。 此外，如果 Hadoop 集群环境还没有准备好，您可以使用其独立模式来开始您的工作。 但是当您的序列文件很大（超过1GB）时，我们建议您最好在Hadoop集群上运行，以节省宝贵的时间。
首页： : 参考文献：万世祥和邹权，HAlign-II：高效超大多序列比对和系统发育树重建，分布式并行计算，分子生物学算法，2017，12:25。
其他实现：
MPI： :
CUDA： :
开发环境
JDK 1.8
Hadoop 2.7.2
火花 2.0.2
Intellij IDEA (Maven)
用法
1.单机模式
# java -jar HAlign2.1.jar