文件名称：pdb-stats:可点击的PDB统计信息
文件大小：1.6MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-17 23:07:58
statistics protein-data-bank synchrotron cross-filter x-ray-crystallography
这些统计信息作为一个示例，说明如何使用gemmi-grep （ 提供的实用程序）从mmCIF文件中快速提取数据。 数据以mmCIF格式从PDB存档的本地副本中提取（我们每周同步一次）。 我们在extract.sh脚本中使用gemmi-grep提取所有需要的元数据（还有更多）。 读取所有存档（34GB压缩文件）需要20到30分钟。 输出将重定向到文件（ grep.out ），该文件随后用于准备在我们的网页中使用的JSON文件。 可过滤统计 ./process.py >data.json制作了一个简明的JSON文件，该文件仅包含： 自2008年以来存入的条目（任意截止）， 使用X射线晶体学获得的 如果有小组交存（PDB现在只有十几个这样的小组），我们从每个小组中取一个条目。 Web应用程序本身包含在一个文件（index.html）中。 它取决于三个外部库：dc.js，d3.js和cr
【文件预览】：
pdb-stats-master
----flags()
--------kr.svg(2KB)
--------ca.svg(960B)
--------de.svg(220B)
--------jp.svg(501B)
--------fr.svg(301B)
--------eu.svg(1KB)
--------gb.svg(956B)
--------us.svg(6KB)
--------au.svg(2KB)
--------cn.svg(848B)
--------ch.svg(324B)
----.gitignore(66B)
----tags.html(6KB)
----package.json(471B)
----trends.html(8KB)
----ccd-tags.tsv(8KB)
----resistat.py(4KB)
----.eslintrc.yaml(232B)
----sf-tags.tsv(16KB)
----residues.json(1.56MB)
----thumbs()
--------residue.png(4KB)
--------calendar.png(2KB)
--------periodic-table.png(7KB)
--------tags.png(2KB)
--------xtal.png(6KB)
----coldates.py(2KB)
----cod-cif-tags.tsv(265KB)
----js()
--------d3-dsv.v1.min.js(3KB)
--------crossfilter.js(43KB)
--------datatables.min.js(83KB)
--------d3-collection.v1.min.js(3KB)
--------dc.min.js(87KB)
--------d3-selection.v1.min.js(13KB)
--------d3-request.v1.min.js(3KB)
--------jquery-3.4.1.min.js(86KB)
--------tablesort.min.js(3KB)
--------d3-dispatch.v1.min.js(2KB)
----calendar.json(47KB)
----calendar.html(7KB)
----residues.html(2KB)
----css()
--------dc.css(4KB)
--------images()
--------datatables.min.css(14KB)
----cod-tags.html(5KB)
----data.json(4.66MB)
----README.md(2KB)
----process.py(9KB)
----index.html(3KB)
----cod-hkl-tags.tsv(66KB)
----xray.html(21KB)
----mmcif-tags.tsv(220KB)
----extract.sh(1KB)