文件名称：nf-rnaseq-bacteria:Nextflow管道，用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据
文件大小：16KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-25 01:15:25
Nextflow
模数流 Nextflow管道，用于从NCBI SRA下载和处理微生物RNA序列数据 设置 安装 检查的Java 8或更高版本安装使用： java -version 将nextflow下载到当前目录： curl -s https://get.nextflow.io | bash curl -s https://get.nextflow.io | bash 通过运行以下./nextflow run hello测试安装： ./nextflow run hello 安装 为您的数据集准备元数据文件。 使用来获取指定生物的所有元数据。 要附加本地数据，您可以向tsv文件中添加新行，并填写以下各列： Experiment ：对于公共数据，这是您的SRX ID。 对于本地数据，应使用标准化的ID命名数据（例如ecoli_0001） LibraryLayout ：要么成对或非单 Platfo
【文件预览】：
nf-rnaseq-bacteria-main
----conf()
--------docker.config(961B)
--------local.config(451B)
--------user.config(359B)
--------README.md(300B)
--------multiqc_config.yaml(836B)
----download_metadata()
--------download_metadata(2KB)
--------README.md(646B)
--------clean_metadata_file.py(954B)
----nextflow.config(1KB)
----LICENSE(1KB)
----main.nf(12KB)
----README.md(3KB)
----.gitignore(2KB)
----bin()
--------merge_summaries.sh(476B)
--------parse_direction.py(1KB)
--------assemble_tpm.py(1KB)
--------stage_fastq.sh(558B)
--------assemble_qc_stats.py(1KB)