【文件属性】：
文件名称：DomFun：使用蛋白质结构域和功能注释之间的关联进行蛋白质功能预测
文件大小：32KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-09 00:33:57
Ruby
DomFun
DomFun是使用系统方法将功能分配给未知蛋白质的新系统，而无需考虑其序列但其功能域与功能系统相关联。 它使用在蛋白质结构域和功能注释之间计算的关联作为训练数据集，并通过查找蛋白质的结构域以及它们是否已与功能注释（在GO分子功能，生物学过程，KEGG和Reactome途径术语中）相关联，对蛋白质进行预测（使用UniProt标识符）。 ）。
安装
将此行添加到您的应用程序的Gemfile中：
gem 'DomFun'
然后执行：
$ bundle
或自己安装为：
$ gem install DomFun
用法
要使用DomFun，有必要计算蛋白质结构域和功能注释之间的关联。 为此，请使用NetAnalyzerRubygem（ ），选择最适合您数据的关联索引。 一旦计算出这些关联，它们将用于训练DomFun并预测一组功能未知的蛋白质（赋予UniProt标识符）。
在
【文件预览】：
DomFun-master
----.gitignore(113B)
----README.md(9KB)
----bin()
--------generate_CAFA2_dataset.rb(3KB)
--------console(341B)
--------find_curated_proteins.rb(3KB)
--------validate_ProtFunSys_predictions.rb(5KB)
--------generate_CAFA3_dataset.rb(3KB)
--------generate_CAFA2_tripartite_network.rb(3KB)
--------association_metrics_average.rb(2KB)
--------domains_to_function_predictor.rb(11KB)
--------standardize_scores.R(2KB)
--------prepare_cafa_network.rb(2KB)
--------merge_pairs.rb(3KB)
--------add_protein_functional_families.rb(4KB)
--------generate_cafa_control.rb(1KB)
--------setup(131B)
--------normalize_combined_scores.rb(3KB)
--------get_kegg_pathways.R(383B)
--------plot_density_for_predictions.R(302B)
--------lines.R(3KB)
--------translate_kegg_genes2pathways.rb(2KB)
----Gemfile(91B)
----DomFun.gemspec(2KB)
----.rspec(53B)
----spec()
--------DomFun_spec.rb(177B)
--------spec_helper.rb(362B)
----LICENSE.txt(1KB)
----.travis.yml(106B)
----templates()
--------report_data.erb(2KB)
----lib()
--------DomFun.rb(106B)
--------DomFun()
----Rakefile(117B)