文件名称：pca特征提取的matlab代码-SpatiotemproalQuantificationMonolayerCellMigrationPipe
文件大小：4.44MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-22 16:31:55
系统开源
pca特征提取的matlab代码 2020 年 11 月 5 日 Yishaia Zabary & Assaf Zaritsky - , “用于单层细胞迁移时空量化的 Matlab 管道” 该存储库包括 Matlab 源代码。 该存储库是“Neubias Bioimage Analysis”系列丛书的一部分 管道接收以下格式之一的原始图像数据作为输入：tiff 堆栈、zvi（蔡司视觉图像）或 lsm（基于蔡司 tiff 的专有格式）。 每个数据文件都是一个单独的延时实验。 我们假设无标签成像并仅分析多通道图像堆栈中的第一个通道。 管道包括四个概念步骤，每个步骤都取决于前一个步骤，因此必须按顺序执行。 前两个步骤在单个延时级别执行（请参阅 quantifyMonolayerMigration-Main.m）。 管道的其余部分用于多个实验的分析，可以在不同的实验和条件之间进行比较，不建议新手用户使用（参见 quantifyMonolayerMigrationBulkMain.m） 将每个图像分割为细胞（前景）和背景区域，并计算速度场。 此阶段的输出包括伤口愈合随时间的量化、前景/背景分割的
【文件预览】：
SpatiotemproalQuantificationMonolayerCellMigrationPipeline-main
----bioformats()
--------bfopen.m(8KB)
--------bfGetReader.m(3KB)
--------bfCheckJavaMemory.m(2KB)
--------bfOpen3DVolume.m(2KB)
--------bfCheckJavaPath.m(3KB)
--------private()
--------bfsave.m(5KB)
--------bfGetPlane.m(4KB)
--------bfInitLogging.m(2KB)
--------bfGetFileExtensions.m(2KB)
--------createMinimalOMEXMLMetadata.m(4KB)
--------bfUpgradeCheck.m(2KB)
----icons()
--------dialog-question-22x22.png(4KB)
--------dialog-question-48x48.png(4KB)
--------document-open-8.png(2KB)
--------cancel 48 32x32.png(5KB)
--------warning 48 32x32.png(5KB)
--------accepted 48 32x32.png(5KB)
----quantifyMonolayerMigrationMain.m(4KB)
----LICENSE(34KB)
----StepsScripts()
--------PCAOnAllExperimentsMeasurements.m(4KB)
--------calcSpatiotemporalRaw.m(1KB)
--------kymographToFeaturesVec.m(3KB)
--------SingleExperimentKymographsToFeatures.m(2KB)
--------coordinationClustersVisualizer.m(4KB)
--------CalcMonolayerMigrationMeasures.m(6KB)
--------EstimateVeloctyFields.m(812B)
--------SegmentationMovie.m(879B)
--------KymographsByMeasure.m(1KB)
--------MultipleExperimentsToFeatures.m(3KB)
----codeSnippetsExamples.m(4KB)
----Logo.png(641KB)
----README.md(4KB)
----utils()
--------setDefaultParams.m(2KB)
--------renderVelocityFieldVideo.m(7KB)
--------erodeAssaf.m(325B)
--------getFrameNo.m(580B)
--------getMaximalFrameNo.m(580B)
--------getLabelsAndPaths.m(1KB)
--------simulateCoordination.m(4KB)
--------whScripts()
--------dilateAssaf.m(332B)
--------doRegionGrowingSegmentCoordination.m(3KB)
--------optimalHistogram.m(7KB)
--------getMeanOfStack.m(215B)
--------cutFirstHistMode.m(8KB)
--------getStdOfStack.m(235B)
--------RegionMerginSegmentationMF.m(5KB)
--------colorspace.m(13KB)
--------listDirs.m(854B)
--------getMultiplicity.m(1020B)
--------blockMatching.m(3KB)
--------initParamsDirs.m(11KB)
--------perpVector.m(2KB)
--------vectorSimilarityMeasures()
--------unifyFeaturesFromMultipleExperiments.m(1KB)
--------removeFilesExtensions.m(296B)
--------inpaint_nans.m(16KB)
--------kymographsToFeaturesExtractor.m(3KB)
--------bfInitLogging.m(1003B)
--------plotKymograph.m(1KB)
--------normList.m(2KB)
--------bfilter2.m(5KB)
--------morphClose.m(119B)
--------lbp.m(6KB)
--------imagescnan.m(14KB)
--------plotPCCoefficient.m(2KB)
--------getmapping.m(3KB)
--------visualizeVelocityFields.m(4KB)
--------arrangeAllKymographs.m(1KB)
--------plotPCScores.m(2KB)
----Logo.gif(3.76MB)
----quantifyMonolayerMigrationBulkMain.m(5KB)
----segmentation()
--------segmentLbpImage.m(1003B)
--------temporalBasedSegmentation.m(6KB)
--------segmentPhaseContrastLBPKmeans.m(1012B)