文件名称：CEL-Seq-pipeline
文件大小：27KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 00:48:30
Python
概述 这是用于CEL-Seq方法的管道。 CEL-Seq是Hashimshony等人发表的HTS方法。 等（2012），基于RNAseq。 通常，它仅读取mRNA转录本的3'UTR末端并被束缚。 流水线输入是配对末端读取文件（FASTQ格式）以及参考基因组和注释，并输出读取计数。 完整的工作流程 要完全使用管道，您需要创建一个配置文件（以config_file_example.txt为例）。 配置文件告诉管道对哪些文件需要执行哪些操作，并引用这些引用。 调用是： pijpleiding config_file.txt 有用的脚本 如果没有完整的管道，其中两个脚本也很有用。 bc_demultiplex CELSeq解复用器，用于对CELSeq条形码进行解复用。 它还将UMI信息与读取一起保存。 使用bc_demultiplex --help可以了解输入格式。 htseq_coun
【文件预览】：
CEL-Seq-pipeline-stable
----.gitignore(6B)
----README.md(1KB)
----htseq_wrapper.py(4KB)
----config_file_example.txt(1KB)
----LICENSE(34KB)
----htseq_count_umified.py(12KB)
----pijpleiding.py(5KB)
----clean_up.py(1KB)
----sample_sheet_example.txt(1KB)
----bc_demultiplex.py(8KB)
----barcode_umis.tab(471B)
----bowtie_wrapper.py(3KB)