文件名称：SCALE:通过潜在特征提取的单细胞ATAC-seq分析
文件大小：28KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-26 10:52:39
Python
通过潜在特征提取进行单细胞ATAC序列分析 消息 2021.01.14更新为与文件和兼容 安装 SCALE神经网络在框架中实现。 如果可用，建议在CUDA上运行SCALE。 从GitHub安装 git clone git://github.com/jsxlei/SCALE.git cd SCALE python setup.py install 安装仅需几分钟。 快速开始 输入 h5ad文件 计数矩阵文件： 行是峰，列是条形码，格式为txt / tsv （sep = “ \ t” ）或csv （sep = “，” ） mtx文件夹包含三个文件： 计数文件：以mtx格式计数，文件名包含关键字“计数” / “矩阵” 峰文件：峰1列chr_start_end ，文件名包含关键字“ peak” 条形码文件：条形码的1列，文件名包含关键字“条形码” 跑 SCALE.py -d [input]
【文件预览】：
SCALE-master
----SCALE.py(7KB)
----requirements.txt(134B)
----LICENSE(1KB)
----setup.py(1KB)
----README.md(4KB)
----docs()
--------conf.py(8KB)
--------installation.rst(47B)
--------index.rst(210B)
--------Makefile(7KB)
--------news.rst(1B)
--------tutorial.rst(1B)
----.gitignore(71B)
----scale()
--------specifity.py(2KB)
--------utils.py(6KB)
--------model.py(10KB)
--------loss.py(3KB)
--------dataset.py(7KB)
--------__init__.py(263B)
--------layer.py(4KB)
--------plot.py(14KB)