文件名称：snp_calling_scripts:细菌 SNP 调用脚本集
文件大小：7KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-01 05:59:17
Python
snp_calling_scripts 细菌 SNP 调用脚本集 用法：cat merge.vcf | python filter_non_discriminatory_variants.py --use-density --window 1000 --max_snps 3>merged_nondis.vcf 用法：python count_snp_密度.py -vcfs vcfs.txt 其中 vcfs.txt 包含 .vcf 文件列表。 位置,1.vcf,2.vcf,3.vcf,4.vcf 0,0,0,0,0 1000,0,0,0,0 2000,0,0,0,0 3000,0,0, 0,0 4000,0,0,0,0 5000,0,0,0,0 用法：cat merge.vcf | python output_af_from_vcf.py 这将输出一个等位基因频率表，从包含等位基
【文件预览】：
snp_calling_scripts-master
----filter_non_discriminatory_variants.py(4KB)
----find_islands.py(2KB)
----plot_density.R(422B)
----qc_vcf.py(5KB)
----output_af_from_vcf.py(712B)
----README.md(1KB)
----count_snp_density.py(1KB)