文件名称：matlab提取文件要素代码-MERFISH-based-screening:使用MERFISH进行基于图像的高通量筛选的软件
文件大小：131KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 10:29:24
系统开源
matlab提取文件要素代码高通量序列函数分析代码 该项目包含图像和序列分析代码，以便使用MERFISH进行合并筛选，以鉴定单个细胞中的基因型，如 请检查github.com/ZhuangLab以获取此代码的最新版本。 可以在zhuang.harvard.edu/merfish.html上找到示例数据。 ----- Python图像分析----- 该分析软件用于将图像分割成多个单元格，从每个单元格中提取条形码，并分析细胞表型。 该分析软件以面向对象的方式编写，位于核心目录中。 通过core \ experiment.py控制分析，该分析采用以下参数： ImagingExperiment-.dax格式的成像数据的路径sequenceExperiment-根序列分析文件夹的路径sequenceLibrary-文件夹sequenceExperiment中的目录，其中存在来自序列分析的BCtoAA.mat参数parameterFile-json格式的文件，包含以下参数： position_file-txt文件的名称，该文件包含一个显微镜载物台位置的列表，其中每个成像回合都采集图像cell_tr
【文件预览】：
MERFISH-based-screening-master
----core()
--------experiment.py(25KB)
--------data()
--------analysis()
--------__init__.py(0B)
--------visual()
----Academic license and terms of use.pdf(99KB)
----BCtoAABuilder()
--------AdjacencyMatrix.class(2KB)
--------functions()
--------UMItoAA.m(8KB)
--------AdjacencyMatrix.java(2KB)
--------UMItoBC.m(14KB)
--------AAtoBC.m(1KB)
----analyze.py(2KB)
----README.md(3KB)