文件名称：ParseTreesOutputIBD_FastSimCoal:从 FastSimCoal 解析 Newick 树并输出 IBD 段
文件大小：9KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-10 12:59:36
Java
从 FastSimCoal 解析 Newick 树并输出 IBD 段 该程序解析存储在 FastSimCoal 生成的 Newick 树中的祖先重组图 (ARG) 并输出 IBD 段。 用户必须指定重组率 (cM/Mb)、模拟区域的长度（以 bp 为单位）、要输出的 IBD 段的最小长度以及文件中的树总数。 下面的脚本提供了一个示例。 IBD 段被定义为一对个体共享相同最近共同祖先 (MRCA) 的区域。 MRCA 是根据合并时间确定的（请注意，这不是明确的可能性很小）。 依赖项：使用 Forester 库 ( ) 来解析 Newick 树。 联系人：ppalama AT hsph DOT harvard DOTAGAIN edu 参考资料：该工具是作为分析的一部分而开发的 PF Palamara、T. Lencz、A. Darvasi、I. Pe'er。 “血统身份的长度分布揭示
【文件预览】：
ParseTreesOutputIBD_FastSimCoal-master
----Sets.java(6KB)
----LICENSE(11KB)
----README.md(2KB)
----ParseTreesOutputIBD_FastSimCoal.java(7KB)