文件名称：docker_bwa_aligner:展示概念验证 bwa 对齐工作流的 Docker 容器
文件大小：14KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-21 07:36:07
Shell
docker_bwa_aligner 这是一个基于 docker 容器的系统的概念证明，用于运行简单的序列对齐工作流程。 该系统的基本部分是： 将目录 /home/bwa_user/data 导出到其他容器的数据卷。 将目录 /home/bwa_user/bwa_indexed 导出到其他容器的参考卷 一个 docker 容器化应用程序，它安装参考卷并将公开可用的 fasta 参考基因组文件下载到 /home/bwa_user/bwa_indexed 的子目录中，以特定构建命名，然后使用 bwa 和 samtools 索引 fasta 文件。 为了节省空间，应用程序可以在索引之前 gzip 参考 fasta。 不同基因组的多个构建可以存储在同一个参考容器中。 一个 docker 容器化应用程序，它将数据卷中的大型 fastq 文件拆分为具有指定读取次数的子集 fastq 文件。
【文件预览】：
docker_bwa_aligner-master
----.gitignore(21B)
----bwa_reference_volume()
----bwa_reference()
----bwa_plasmodium_data()
----google_agent_base()
----output()
--------.keep(0B)
----.dockerignore(10B)
----split_raw()
----LICENSE(1KB)
----.gitmodules(2KB)
----README.md(7KB)
----bwa_aligner()
----bwa_samtools_base()
----demo()
--------duke_docker_day_9_11_14()
----mongo_agent_aligner()
--------mongo_agent_merge_bam()
--------mongo_agent_align_subset()
--------mongo_agent_seed_alignment()
--------mongo_agent_alignment()
--------README.md(5KB)
--------mongo_agent_watch_alignment()
--------crane.yml(2KB)
--------mongo_agent_seed_reference()
--------mongo_agent_split_raw()
--------fig.yml(2KB)
--------mongo_agent_merge_monitor()
----bwa_aligner_agent()
----fig.yml(648B)
----split_agent()