文件名称：diffexpr:通过rpy2将DESeq2和DEXSeq移植到python中
文件大小：41KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 14:09:55
python rna-seq differential-expression JupyterNotebook
差异表达式 使用rpy2将到python中的python软件包。 安装 依赖关系是pandas （python）， rpy2 （python）和DESeq2 （R）最好的构建依赖关系的方法应该是通过conda。 conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge conda create -q -n diffexpr python=3.6 \ pandas tzlocal rpy2 biopython ReportLab pytest-cov \ bioconductor-deseq2 codecov conda activate diffexpr # activate diffexpr envi
【文件预览】：
diffexpr-master
----codecov.yml(293B)
----.github()
--------workflows()
----setup.R(183B)
----poetry.lock(54KB)
----.coverage(52KB)
----requirements.txt(1KB)
----example()
--------.ipynb_checkpoints()
--------deseq_example.ipynb(24KB)
----LICENSE(1KB)
----test()
--------test_pathways.py(462B)
--------test_deseq.py(2KB)
--------data()
--------deseq.R(764B)
----setup.py(1KB)
----README.md(1KB)
----diffexpr()
--------py_deseq.py(6KB)
--------py_pathway.py(3KB)
--------requirements.txt(71B)
--------__init__.py(0B)
----pyproject.toml(481B)