文件名称：computational-genomics:天普大学的计算基因组学课程-Jody Hey教授
文件大小：57.03MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-10 18:54:05
Python
计算基因组学 天普大学的计算基因组学课程-Jody Hey教授 持有班上的所有模块（每周约1个）。
【文件预览】：
computational-genomics-master
----README.md(158B)
----Module 3 - Barcoding zgrep and Dotplot()
--------Part_1_zgrep()
--------Part_3_Human_Genome_Dotplot()
--------Part_2_Barcoding()
----Module 1 - BASH Commands and fasta-fastq Formats()
--------linuxBashCommand.txt(1KB)
--------bonusOutput.txt(71.17MB)
--------output-for-brca.example.illumina.0.1.fastq.txt(191B)
--------week1bonus.py(3KB)
--------GRCH38p2_chr22.fasta.gz(10.76MB)
--------brca.example.illumina.0.1.fastq(8.01MB)
--------GRCH38p2_chr22.fasta(49.16MB)
--------week1part2.py(4KB)
--------output.txt(191B)
--------output-for-GRCH38p2_chr22.fasta.gz.txt(169B)
----Module 2 - fastq Simulation and Fastqc()
--------chr21_CM000482.1.fasta(32.39MB)
--------chr21_CM000511.1.fasta(32.39MB)
--------Bonus()
--------gitlog.txt(2KB)
--------fastqSimulation.py(3KB)
--------week2assignment.docx(16KB)
--------samtools.py(550B)
----Module 4 - Assemble a Portion of a Diploid Genome()
--------dualpaired21()
--------single51()
--------Bonus()
--------commands.txt(2KB)
--------paired51()
--------paired21()
--------dualpaired51()
--------Week 4 Summary.pdf(244KB)
--------single21()
----Module 7 - RNAseq()
--------genes.fpkm_tracking(174KB)
--------history.txt(229B)
--------RNAseq_experiment.pdf(10KB)
--------igv_bam_gtf.png(155KB)
--------chr22_brain_FPKM.png(25KB)
--------Module_7_Part_1.pdf(84KB)
--------fpkm_histogram.py(453B)
----Module 5 - bowtie samtools bedtools()
--------2_sorted.png(14KB)
--------history.txt(2KB)
--------hist.py(1KB)
--------2_bedtools.png(26KB)
--------5_bedtools.png(25KB)
--------1_bedtools.png(25KB)
--------0_sorted.png(32KB)
--------readme.md(88B)
--------ComputationalGenomics-Week5Summary.pdf(163KB)
--------0_bedtools.png(25KB)
--------5_sorted.png(6KB)
--------1_sorted.png(12KB)
----Module 6 - vcf()
--------HG00277.exome.22.variants.10000.vcf(1017KB)
--------history.txt(2KB)
--------MLs_HG00277.exome.22.out(9.25MB)
--------interesting_variation.png(89KB)
--------chr13_1000000_sorted.vcf(110KB)
--------MLs_chr13_1000000.out(11.97MB)
--------getgenotypes.py(8KB)