文件名称：EZ-TS：自动偶氮芳烃过渡态筛选
文件大小：423KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-10 00:32:57
Python
EZ-TS 自动偶氮芳烃过渡态筛选 代码设置 将存储库克隆到您的主目录： $ git clone https://github.com/lopez-lab/EZ-TS.git 执行〜/ EZ-TS / init.sh来设置$ USER信息，本地目录，并将EZTS工具复制到〜/ bin中以便于访问： $ bash init.sh 相关软件包的安装和接口： 必须在使用前安装OpenBabel 如果从SMILES开始计算，则必须激活RDKIT环境 所有QM软件包可执行文件的路径应在主目录/home/$USER/EZ-TS/config.py中设置 用法 EZ-TS通过为每个分子生成一批过渡状态猜测结构并编写一系列计算输入/批处理文件来执行大量的预优化，构象搜索，构象异构体能量评估和最终处理，从而处理计算的设置和管理优化。 完成后，将EZ-TS发现的每个分子的最低能量跃迁状态复制到基本
【文件预览】：
EZ-TS-main
----init.sh(851B)
----generate-inputs.py(47KB)
----config.py(4KB)
----EZTS-setup.sh(4KB)
----orca2xyz.py(1021B)
----start.sh(454B)
----EZTS-update.sh(174B)
----xyz2com.py(14KB)
----EZTS-workflow.png(409KB)
----get-lowest.sh(5KB)
----README.md(3KB)
----re-configure.sh(775B)
----smiles23D.py(701B)
----EZTS-clean.sh(1KB)