【文件属性】:
文件名称:ppi-aimed:目的蛋白蛋白质关系提取
文件大小:25KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-03-15 06:07:29
Python
目的蛋白相互作用
目的蛋白蛋白质关系提取
下载AIMed数据集
从ftp://ftp.cs.utexas.edu/pub/mooney/bio-data/interactions.tar.gz下载
使用说明将原始数据集转换为XML
convert_aimed.py -i aimed_interactions_input_dir -o aimed.xml
跑
步骤1:将xml AIMed转换为扁平化的json
python src/preprocessors/aimed_json_converter.py --inputfile tests/sample_data/aimed.xml --outputfile aimed.json
【文件预览】:
ppi-aimed-main
----.travis.yml(207B)
----tests()
--------sample_data()
--------tests_preprocessors()
--------__init__.py(0B)
--------requirements.txt(26B)
--------tests_dataset()
----LICENSE(1KB)
----src()
--------preprocessors()
--------requirements.txt(44B)
--------datasets()
----.gitignore(2KB)
----README.md(561B)
----sagemaker.ipynb(19KB)