文件名称：gbs:犹他州立大学保罗沃尔夫实验室
文件大小：6.22MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-20 02:21:32
Python
名称 gbs（通过测序进行基因分型） 描述 用于通过测序数据处理基因分型的 Python 和 R 工具。 UNEAK 管道 HapMap (hmp.txt) 和 HapMapCount (hmc.txt) 文件充当输入。 使用说明 gbs.py：该文件包含主管道的函数调用（读取深度过滤、根据数据丰度排序、HWE 精确概率、预期杂合性和一些数据转换）。 此脚本调用在 gbs_mod.py 中定义的函数。 遵循 IDE 或控制台中的脚本。 导入所有必要的模块并读入 hmp 和 hmc 文件。 （适当地重命名您的文件或更改脚本） gbs_mod.py：包含 gbs.py 的函数 replica.py：此文件包含计算不匹配率的函数。 它调用在 gbs_mod.py 中定义的函数。 plot.r：包含一些对 R 的 barplot 和 violinplot 调用。 plot_locus.p
【文件预览】：
gbs-master
----gbs_mod.py(24KB)
----HapMap.hmp.txt.tar.gz(6.25MB)
----plot.r(7KB)
----HapMap.hmc.txt.tar.gz(809B)
----gbs.py(12KB)
----README.md(1004B)
----replica.py(7KB)
----fst_hierfstat.r(5KB)
----locus_plot.py(3KB)