replace_lowqualitybases:用N替换Sanger fastq文件中的低质量碱基

时间:2024-05-17 08:11:38
【文件属性】:

文件名称:replace_lowqualitybases:用N替换Sanger fastq文件中的低质量碱基

文件大小:4KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-17 08:11:38

Python

replace_lowqualitybases python脚本replace_low_quality_bases_Ns_1.py接受Sanger质量编码的fastq文件,并用N替换低于用户指定阈值的低质量基数。此脚本是针对Sanger质量编码/ phred + 33编写的。不适用于其他编码。 ####用法python scriptname.py {infilename} {outfilename} {minimum_qualityscore} python replace_low_quality_bases_Ns_1.py tests.sam out.sam 35


【文件预览】:
replace_lowqualitybases-master
----replace_low_quality_bases_Ns_1.py(3KB)
----LICENSE.md(1KB)
----testdata()
--------test.sam(1KB)
----README.md(452B)

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