文件名称：2bRAD_GATK:2bRAD基于全基因组参考的基因分型
文件大小：539KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 14:46:55
Perl
基于全基因组参考的2bRAD基因分型 该存储库自2018年6月起已过时。2bRAD基因分型的所有脚本和演练（包括基于参考的信息）现在都包含在2bRAD_denovo存储库中。 Mikhail Matz， Wang等人在2012年描述了2bRAD 2bRAD具有非常简单的文库制备方案，没有中间纯化步骤。 它涉及三重条形码方案，其中两个是标准Illumina条形码，另一个是读入的连接条形码，用于在文库制备过程中途将库合并到12个复合物中，以进一步降低制备成本。 2bRAD生成可在任一链上测序的36个碱基的标签。 在完整表示的版本中，平均每2.5-3.5 kb会产生一个高质量的基因分型标签。 通过使用修饰的连接适配器减少表达，基因型标签的数量可以减少4倍或16倍，从而在不需要密集基因组采样的应用（例如群体结构分析或连锁作图）中节省了测序成本。 2bRAD生物信息学的独特功能是：基于简并
【文件预览】：
2bRAD_GATK-master
----plot_R.r(4KB)
----admixturePlotting_v3.R(1KB)
----dna.mixing.R(1KB)
----admixturePlotting_v4.R(982B)
----filterStats_gatk.pl(4KB)
----admixturePlotting.R(2KB)
----replicatesMatch.pl(5KB)
----dadi22Dsfs.py(432B)
----recalibrate_SNP.tranches.pdf(8KB)
----trim2bRAD.pl(1KB)
----dadi2sfs.py(392B)
----trim2bRAD_2barcodes.pl(3KB)
----2bRAD_bowtie2_launch.pl(868B)
----vcf2dadi.pl(3KB)
----concatFasta.pl(2KB)
----thinner.pl(5KB)
----trim2bRAD_2barcodes_dedup2.pl(5KB)
----mix_illumina_qpcr.R(4KB)
----trim2bRAD_2barcodes_dedup.pl(5KB)
----hetfilter.pl(2KB)
----angsd_ibs_pca.R(4KB)
----GetHighQualVcfs.py(7KB)
----analyzeLD.R(2KB)
----dadiBoot.pl(1KB)
----ngs_concat.pl(786B)
----2bRAD_trim_launch_dedup2.pl(2KB)
----2bRAD_GATK_scripts_manual.pdf(50KB)
----recalibrateSNPs_gatk.pl(11KB)
----plotQC.R(2KB)
----2bRAD_protocol_june1_2018.pdf(224KB)
----bayescan_plots.R(1KB)
----installationInstructions_3dParty_software.txt(2KB)
----2bRAD_README.txt(23KB)
----fastStructurePlotting_functions.R(2KB)
----fastStructurePlotting.R(686B)
----retabvcf.pl(1KB)
----2bRAD_protocol_may15_2017_nnrw.pdf(235KB)
----PCA_adegenet.R(2KB)
----removeBayescanOutliers.pl(1KB)
----vcf2map.pl(8KB)
----picogreen.R(1KB)
----plot_admixture_v4_function.R(1KB)
----launcher_creator.py(19KB)
----runRepsStructure.pl(628B)
----alleleCounts.pl(3KB)
----realsfs2dadi.pl(1KB)
----illumina_mix_data.csv(12KB)
----2brad_analysis.txt(5KB)
----README.md(3KB)
----plot_admixture_v3_function.R(1KB)
----2bRAD_trim_launch_dedup.pl(2KB)
----dadi2sfs_fold.py(400B)
----repMatchStats.pl(6KB)
----genomeScanPlots.R(4KB)
----sfs2dadi.R(3KB)
----vcf2fasta_ref.pl(1KB)
----2bRAD_trim_launch.pl(2KB)