文件名称：ssw:SIMD Smith-Waterman 库的 Python 接口
文件大小：21KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-19 23:20:46
C
#SSW：SIMD Smith-Waterman的Python包装器 概述 是 Smith-Waterman 算法的快速实现，它使用单指令多数据 (SIMD) 指令在 CPU 级别并行化算法。 这个存储库将 SSW 库包装成一个易于安装的高级 python 接口，没有外部库依赖项。 SSW 库由Mengyao Zhao 和Wan-Ping Lee 编写，这个python 接口由Giles Hall 维护。 安装 要安装 SSW python 包，请使用 pip： $ pip install ssw 示例用法 import ssw aligner = ssw.Aligner() alignment = aligner.align(reference="ACGTGAGAATTATGGCGCTGTGATT", query="ACGTGAGAATTATGCGCTGTGATT") print
【文件预览】：
ssw-master
----MANIFEST.in(44B)
----.travis.yml(402B)
----tests()
--------test_ssw.py(5KB)
----LICENSE(2KB)
----src()
--------sswobj.py(10KB)
--------__init__.py(23B)
--------ssw()
--------libssw.py(2KB)
--------iupac.py(1KB)
----setup.cfg(95B)
----VERSION(6B)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(45B)
----README.md(1KB)